A investigação científica que se realiza nos centros de investigação do ISEG constitui elemento importante de suporte científico para os seus programas de doutoramento. No caso do Doutoramento em Sociologia Económica e das Organizações, a principal unidade de acolhimento é o SOCIUS (Centro de Investigação em Sociologia Económica e das Organizações - http://pascal.iseg.utl.pt/~socius/home.html). O SOCIUS é uma unidade de investigação acreditada pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia e classificada como "Excelente" desde 1999, no âmbito do Programa de Financiamento Plurianual de Unidades de Investigação e Desenvolvimento. A sua área científica de actuação é entendida numa acepção ampla, que privilegia os múltiplos pontos de contacto entre a Sociologia e a Economia contemporâneas, e outras Ciências Sociais interessadas no estudo da realidade económica e organizacional.

Os doutorandos podem desenvolver projectos em áreas de especialização nas quais existe investigação consolidada entre o corpo docente e no centro de investigação de acolhimento. Estas áreas coincidem com as linhas de investigação do SOCIUS:
• Organizações, Trabalho, Emprego e Género
• Ciência, Tecnologia, Saúde e Profissões
• Desenvolvimento Sustentável, Terceiro Sector e Redes Sociais
• Economia, Espaço, Cultura e Globalização